Analisis Penambatan Molekuler Senyawa Mangiferin dari Mahkota Dewa (Phaleria macrocarpa) terhadap Sap 5 Candida albicans

Molecular Docking Analysis of Mangiferin Compound from Mahkota Dewa (Phaleria macrocarpa) against Sap 5 Candida albicans

Penulis

  • Gusnia Meilin Gholam Departemen Biokimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, IPB University, Bogor, 16680, Indonesia Penulis

Kata Kunci:

Candida albicans, Docking, In silico, Mangiferin, Sap 5

Abstrak

Candida albicans (C. albicans) merupakan mikroorganisme komensal. Namun, C.albicans dapat berubah menjadi sifat patogen apabila disebabkan oleh beberapa faktor, sehingga perlu adanya penemuan senyawa-senyawa yang efektif untuk dapat menghambat C. albicans dengan spesifik pada target tertentu dari C. albicans sendiri. Kami memilih Sap 5 sebagai target dari penambatan, disebabkan erat kaitannya Sap 5 dengan terjadinya invasi jaringan. Tujuan dari penelitian ini adalah memberikan hasil berupa apakah terdapat interaksi yang kuat antara senyawa Mangiferin dengan reseptor Sap 5 C. albicans dengan melihat energi bebas Gibbs, agar nanti dapat dilanjutkan dengan uji In vitro. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah preparasi reseptor dan ligan, validasi Gridbox, Penambatan dan Visualisasi hasil. Hasil yang diperoleh dari penambatan senyawa Mangiferin dengan reseptor Sap 5 pada energi bebas Gibbs pada ulangan ke satu sebesar -8.6190 Kcal/mol. Namun, hasil yang stabil dalam penambatan senyawa Mangiferin dengan Sap 5 yaitu berada pada nilai -8.6170 Kcal/mol.

Referensi

D. R. Silva, J. de C. O. Sardi, I. A. Freires, A. C. B. Silva, and P. L. Rosalen, “In silico approaches for screening molecular targets in Candida albicans: A proteomic insight into drug discovery and development,” Eur. J. Pharmacol., vol. 842, pp. 64–69, 2019.

C. Borelli et al., “X-ray structures of Sap1 and Sap5: Structural comparison of the secreted aspartic proteinases from Candida albicans,” Proteins Struct. Funct. Genet., vol. 72, no. 4, pp. 1308–1319, 2008.

H. Zahra, R.B. Haridas, G.M. Gholam, A.G. Setiawan, "Aktivitas antiulseratif berbagai tanmaan herbal dan prospek masa depan sebagai tanaman budidaya", Jurnal Sains dan Kesehatan, vol 4, no 3, pp. 343-353.

D. Dwirosalia et al., “Studi in Silico Potensi Anti Kanker Senyawa Turunan Kumarin Terhadap Protein Bcl-2,” Maj. Farm. dan Farmakol., vol. 25, no. 2, pp. 84–87, 2021.

S. Mahmud et al., “Antiviral peptides against the main protease of SARS-CoV-2: A molecular docking and dynamics study,” Arab. J. Chem., vol. 14, no. 9, p. 103315, 2021.

National Center for Biotechnology Information, “PubChem Compound Summary for CID 5281647, Mangiferin,” PubChem. [Online]. Available: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/Mangiferin.

G.M Gholam, I.M. Artika, "Potensi terbentuk interaksi molekuler pada fitokimia alami sebagai inhibitor Sap 2 Candida albicans: pendekatan in silico", Jurnal Farmasi Udayana, Vol 11, 2023.

H. Zahra, L. Ambarsari, I. Setyawati, G.M. Gholam, S.T. Wahyudi, "Molecuar dynamic study of B. subtilis laccase against pome waste components with temperature variations and adjustment of active site mutations", Biointerface Research in Applied Chemistry, 13, no 6, 2023.

N. S. M. Ali, A. B. Salleh, T. C. Leow, R. N. Z. R. A. Rahman, and M. S. M. Ali, “The Influence of Calcium toward Order/Disorder Conformation of Repeat-in-Toxin (RTX) Structure of Family I.3 Lipase from Pseudomonas fluorescens AMS8,” Toxins (Basel)., vol. 12, no. 579, pp. 1–14, 2020.

S. Hadi, D. A. Rosanti, D. R. Azhara, and K. Nastiti, “Skrining senyawa inhibitor h2 dari kayu manis (Cinnamomum verum J.Presl),” J. Ilm. Ibnu Sina, vol. 6, no. 2, pp. 176–185, 2021.

G.M. Gholam, "Molecular docking of the bioactive compound Ocimum sanctum as an inhibitor of Sap 1 Candida albicans, Sasambo Journal of Pharmacy, vol 3, no 1, pp. 18-24, 2022.

G.M. Gholam, I.A. Firdausy, I.M. Artika, R.M. Abdillah, R.P. Firmansyah, "Molecular docking: bioactive compounds fo Mimosa pudica as an inhibitor of Candida albicans Sap 3", bioRxiv, 2022.

R. A. Rachmania, Hariyanti, R. Zikriah, and A. Soultan, “In Silico Study of Alkaloid Herba Bakung Putih (Crinum Asiaticum L.) on Inhibition of Cyclooxygenase Enzyme (COX),” J. Kim. Val., vol. 4, no. 2, pp. 124–136, 2018.

F. Hasbi, S. Amin, and T. Nofianti, Penambatan senyawa komponen tanaman kumis kucing (Orthosiphon stamineus Benth) sebagai diuretik menggunakan metode docking, Pharmacoscript, 2019.

G.M. Gholam, M. Luthfia, I.A. Firdausy, "Molecular docking: Bioactive compounds in Indramayu mango (Mangifera indica L.) peel waste as NS5B hepatitis C virus (HCV)", Jurnal Farmasi dan Ilmu Kefarmasian Indonesia, Vol 10, no. 1, pp. 1-10, 2023.

G.M. Gholam, I. A. Firdausy, "Molecular docking study of natural compounds from red betel (Piper crocatum Ruiz & Pav) as inhibitor of secreted aspartic proteinase 5 (Sap 5) in Candida albicans, Sasambo Journal of Pharmacy, vol 3, no 2, pp. 97-104, 2022.

M. Shofi, “Studi In Silico Senyawa Kuarsetin Daun Kencana Ungu (Ruellia Tuberosa L.) Sebagai Agen Antikanker Payudara In Silico Study Quarcetine Compounds from Kencana Ungu Leaves (Ruellia tuberosa L.) Agent as An Anti-Cancer Breast,” Jurnal. Sint., vol. 2, no. 1, pp. 1–9, 2021.

B. D. P. M. Ratu, W. Bodhi, F. Budiarso, B. J. Kepel, Fatimawali, and A. Manampiring, “Molecular Docking Senyawa Gingerol dan Zingiberol pada Tanaman Jahe sebagai Penanganan COVID-19,” J. e-Biomedik, vol. 9, no. 1, pp. 126–130, 2021.

Hamid, Nurnisa, R. Razak, and A. Najib, Virtual Screening Pada Senyawa Kimia Tumbuhan Terap (Artocarpus Elasticus) Terhadap Reseptor Alpha Estrogen. NEM, 2021.

G.M. Gholam, N.I. Darmawan, J.E. Siregar, I.M. Artika, "Selected polyphenols from date (Phoenix dactylifera) as anti-virulence of Candida albicans through multiple enzyme targets", Biointerface Research in Applied Chemistry, 13, no 4, 386, 2022.

Unduhan

Diterbitkan

2024-11-14

Terbitan

Vol 5 No 3 (2023): J. Sains Kes.

Bagian

Articles

Cara Mengutip

Analisis Penambatan Molekuler Senyawa Mangiferin dari Mahkota Dewa (Phaleria macrocarpa) terhadap Sap 5 Candida albicans: Molecular Docking Analysis of Mangiferin Compound from Mahkota Dewa (Phaleria macrocarpa) against Sap 5 Candida albicans. (2024). Jurnal Sains Dan Kesehatan, 5(3), 350-357. https://jsk.ff.unmul.ac.id/index.php/JSK/article/view/408

Artikel paling banyak dibaca berdasarkan penulis yang sama